Išgaunamo bei vandentiekiu vartotojams tiekiamo geriamojo vandens kokybę pagal Lietuvos higienos normą HN 24:2023 „Geriamojo vandens saugos ir kokybės reikalavimai” kontroliuoja UAB „Prienų vandenys”. Kasmet rengiama “Geriamojo vandens veiklos stebėsenos programa”, padedanti greitai įvertinti geriamojo vandens tiekimo sistemos veikimo rezultatus, nustatyti geriamojo vandens saugos ar kokybės problemas ir nedelsiant imtis taisomųjų veiksmų. Geriamojo vandens kokybę prižiūri Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos Priežiūros departamento Alytaus apygardos priežiūros skyrius. Vandens ėminiai imami iš vandenviečių, vandens ruošimo įrenginių, vandentiekio skirstomojo tinklo bei iš vidaus vandentiekio čiaupų. Tyrimai pagal sutartis atliekami nepriklausomose akredituotose laboratorijose.
